Репозиторий корневых сертификатов необходим для того, чтобы RouterOS имела представление какие вообще центры сертификации существуют.

Нашёл скрипт реализации динамической смены IP адреса из RouterOS напрямую в панели управления CloudFlare при помощи API. Где нашёл скрипт уже не помню, вроде бы на страницах официального форума MikroTik.