Репозиторий корневых сертификатов необходим для того, чтобы #RouterOS имела представление какие вообще центры сертификации существуют.
Нашёл скрипт реализации динамической смены IP адреса из #RouterOS напрямую в панели управления #CloudFlare при помощи API. Где нашёл скрипт уже не помню, вроде бы на страницах официального форума #MikroTik.